尊者在炽结窟示现病态。那时天空中出现了像说法时一样的虹彩、花雨等瑞征。于是大家就知道尊者真的要到他方世界去了。寂光惹巴雁总巴色问惹巴等弟子就请问尊者说：「尊者涅盘以后，到哪一个净土中去？我们徒众们应该向何处祈祷？」
尊者说：「你们随便在甚么地方祈祷都是一样。只要有信心，虔诚祈祷，我一定会在你们的面前的。你们祈求的事，我一定赐给。
「这一次，我要到东方现乐净土去朝礼不动如来。我从前曾提起过还有话对你们说，那就是我的遗嘱。我密勒日巴死后，除去极少的几件用品外，甚么财产也没有。你们可将我的棉衣和手杖交给惹琼巴，他很快就会回来的，告诉他这两样东西与修气功的缘起有关。在惹琼巴没有到之前，千万莫要触动我的尸体。
「这个主梅纪巴的帽子和沉香木杖，具有以善见善观而弘扬佛法的缘起，付给卫巴顿巴。这个木碗寂光你拿去吧！这个灵盖，雁总顿巴给你吧。打火石给色问惹巴。这只骨头匙子给炽贡惹巴。把这块布垫子分成碎片，分给其他的弟子们，一人可以拿一片去。我这些东西并没有甚么金钱的价值，送给你们的意义，主要的在显示缘起而已！
「我最重要的遗嘱与我密勒日巴多生来聚集的金子，都藏在这个灶头底下。我死了以后，许多无识的弟子也许会因为我的后事而争吵，那时你们可以把那遗嘱打开来看。那里面还有指示你们修行的办法。
「又有某些只有少量福德的学佛人，为了今生的名闻恭敬，表面上东做佛事，西做功德；实际呢，他供施一百，心里却想收回一千。这些贪求果报而行佛事的世俗人，就等于把毒药混在美味里进食一样。所以你们不应该为了今生的名闻恭敬而饮下这个「好名」的毒药。那些表面上是佛法，而实质上是世法的事，你们都要彻底舍弃，一心精进，修行纯净的佛法才好。」
诸弟子又请问尊者说：「如果对于众生有利益，我们是否可以行一点点世法？」
尊者说：「行世法的动机，如果丝毫也不是为了利已，那是可以行的。可是照这样行，实在是太困难了。如果为了一己的贪欲而行利他，则自利尚不成，更谈不到利他了。就像不会游水的人去游水，不但游水不成，反而为水所淹毙一样。所以在没有证得实相空性以前，最好不要谈利生的事业！己无修证，就要利生，等于瞎子引盲人，最后终究要堕入自私的深渊中去。本来虚空无尽，众生亦无尽，自己修行成就了以后，度生的机会实在太多了；任何时间，任何地点，都可以度化众生。在未成就以前，你们应该以「清净意」发「大悲心」，为利益一切众生的缘故而勤求佛果。放弃衣食名利的思想，身耐劳苦，心负重荷，如是修行才是。这就是度众生，也就是修行入道完成自他一切的究竟利益。我有一歌，你们仔细听着：——
「敬礼马巴译师前，
凡欲学佛修行者，
若不依止具相师，
虽有恭敬无加持。
甚深灌顶若不获，
执续部义徒自缚；（续部——密乘的经典统称为续tantra）
不以续部为依准，
一切作仪成谬误。
若不修观深秘诀，
舍世间法徒自苦；
不能降伏诸烦恼，
巧舌如簧皆空语。
不明甚深方便道，
虽常精进无利益。
不明玄奥三要点，
虽勇猛修路遥远；
不集广大之福德，
徒求自利轮回因。
虽集福德不求法，
勤修亦难成功德；
知足乃是无价宝，
远胜黄金千万亿。
身内安乐若不生，
寻求外乐痛苦因；
爱名魔心若不除，
终将自败惹烦恼。
贪乐则为五毒恼，
物欲终使慈悲离；
骄傲自慢是非因，
独居自无口舌灾。
心离散乱修专住，
寂处能邀胜伴来；
安守卑下得上位，
缓行便能成速达。
舍离诸事大事兴，
守甚深道道速成；
若证空性悲心生，
悲心生处自他泯。
无自他故能利生，
利他事成重见我；
由见我故成佛陀；
我与佛陀暨佛子，
无差别观应祈请。」
密勒日巴尊者又继续说道：「现在我不能再久住了，你们应该记住我的话，继持我的宗风！」说毕就入大定，示现圆寂。享寿八十四岁，于木鼠年（一一三五年）冬季末月十四日黎明，星光欲没，朝阳正升之时，尊者之色身入法界体性，显示涅盘之相。
这个时候，天人空行集会的胜相，较前更为广大殊胜。空中出现广大鲜明的虹彩，这虹彩清楚得好像手都可以摸得着一般。各种颜色交织在空中，虹彩的中间有八瓣莲花的形像，莲花的上面，有极美丽的坛城；世界上最好的画家也画不出这样美丽的坛城来。尖端的五色彩云，变成胜幢、缨络、宝幡等无尽的形状，各色各样的花朵自天而降，纷落如雨。彩云缭绕在四周的山顶。宝塔状的云朵向曲巴的中心围拥着。大家都听见悦耳的天乐和赞语。异香流溢大地。世间的俗人也都能看见天人神像满驻虚空，行广大的供养。人们看见天神们赤身裸体亦不以为怪；天神们却个个都怕嗅着人体的臭味，碰见了人常掩面而过。有的天神和人互相谈话招呼。人人都看见这种种的稀有奇迹。
鸭龙的施主们，听见尊者已入涅盘，都跑到曲巴来，对诸大弟子和曲巴的施主们陈述了很多的理由，要把尊者的遗体请到鸭龙去埋葬，却被尊者的大弟子们拒绝了。于是鸭龙的施主们要求暂缓举行大礼，给布尔以及各地的信士们一个最后的机会，来瞻仰一次尊者的圣容。曲巴的施主们答应了这个要求。鸭龙的人便回去紧急集议，结果带了一群勇武有力的人来准备抢走尊者的遗体。遂与曲巴施主双方争吵起来，骚乱得几乎要动武。大弟子们看见这种情形，立刻对他们说道：「大家都是尊者的信徒！请不要争吵。尊者既然在曲巴涅盘了，当然不合在鸭龙举行大礼，请你们在此地等着，大礼举行完毕后，你们一定可以分到尊者的舍利和骨灰来供养的！」但是鸭龙的人们仗着人多，不肯听话，仍要准备硬抢。忽然空中出现了一个天神，口中发出尊者的声音，唱道：——
「在此集会诸徒众，
毋用争辩听我歌：
我乃尊者一学子，
专为排难解纷来。
密勒日巴圣者心，
已入无生法界性；
惟圣者心为真身，
除此更无他真身。
应身溶入法身时，
物所聚身复何用？
若于此义能通达，
宁因腐尸起争纷！
可怜汝等尽愚痴，
为此朽尸作争持；
斗争辩驳焉能决？
殷勤祈祷乃可得。
若能专心作祈祷，
无生法身纵难证；
亦为大悲宏愿摄。
随顺不同之缘起，
变成无尽之化身；
定住尊者悲护中。」
歌声甫毕，空中天神像虹光一样的消逝不见了。施主和徒众们如同又见到尊者一样，说不出的欢喜和高兴，大家都不再争吵了，就一心一意的祈祷。终于在不可思议的幻化中，除诸大弟子和曲巴施主们保有原有的遗体以外，鸭龙地方的人民却也得到了另一具尊者的遗体，他们就抬着这个遗体，到那其雪山的大鹏蛋窟的顶上举行火葬。空中又出现了与前次涅盘时一样的五色虹光、彩云、天乐、异香、和其他种种的奇征。
在曲巴这一边，诸大弟子和施主们连续的至心祈祷了六天，尊者的面孔忽然容光焕发，年轻得好像八岁小童一般的模样。这时几个大弟子就议论道：「惹琼巴恐怕不会来了。如果我们再延迟的话。可能甚么都留不下来了。甚至一点供养的骨灰都拿不着了。我们还是赶快举行火葬吧！」大家商量以后，就依次作最后一次的尊者的圣容瞻仰。同时把圣体移到炽结窟前面的法座崖上，并架起火葬的台子，然后把圣体安放在台上，划好坛城。虽然比不上天人的供养，却把人间最好的供品陈列起来。在黎明之际，举行了各种祈祷与仪式，大家就想举行火葬。但是无论如何，火总点不起来。在这当儿，天空中忽然出现一道虹彩，带来了五个空行母，齐声唱道：——
「智慧拙火圣者火，
瑜伽行者常修故，
何用世间业火薪？
即此肉身本法身，
常修本尊佛陀故，
岂留肉身之腐尸？
本尊庄严之坛城，
身中瑜珈早圆满，
何用绘画之坛城？
心气不二拙火灯，
尽未来际得长明，
何用汝等泥油灯？
胜妙受用五甘露，
昼夜恒常享受故，
汝设食品为谁供？
身着持戒清净衣，
二障习气咸净涤，
汝持净瓶欲谁洗？
香云华盖虚空遍，
坛城香溢妙庄严，
汝等世间愚痴辈，
引火熏香欲何为！
四方空行启妙声，
智慧佛母歌法音，
汝等世间愚痴辈，
唱念仪轨欲谁听！
恒沙持明皆围绕，
亿万勇父作祈祷；（持明——密乘的修行人统称持明。这里批像恒河中沙那么多的密乘修行人）
汝等世间愚痴辈，
喋喋咻咻欲何为！
彻证真如实相士，
遗体任意可处置；
人天福田共依处，
何用尔等为守护！
上师尊前发宏誓，
依誓行事免祈请；
尊者遗体如宝藏，
勿劳守护任自然！
上师佛陀有密语，
何用汝等饶舌为？
口诀秘密空行持，
静处独坐闭关修，
终身勤修之传记，
违缘虽多得成就。
依徒稀有父传诀，
当得成就定无疑。
至尊密勒日巴传，
勿劳汝辈为宏传；
是乃智慧空行歌，
具大加持应雀跃。
密勒子传承继者，
成就无量如大海，
善根弟子如群星。
此方他方所有地，
人畜无病常吉祥。
今日在此集会众，
将不坠落诸恶趣；
愿证真如大坛城，
心境一如忘二执。
尊者今日之涅槃，
具大义利应生信；
依尊者教如法修，
速疾能得究竟乐。」
于是雁总惹巴就说：「尊者的遗训和几位空行，都教我们在惹琼巴没有到以前，不要触动尊者的遗体。但是惹琼巴到现在还不来，恐怕不久遗体要腐烂了，怎么办呢？」
寂光惹巴说：「从尊者和空行者的训示，以及火烧不着遗体的种种因缘看来，惹琼巴一定很快就回来的。我们还是恳切祈祷吧！」大家把圣体移回洞中，都又一致恳切的祈祷。
却说，惹琼巴那时正在罗若多寺修法。一天晚上的后半夜，在光明与睡眠混然一体的觉受中，他看见在曲巴地方，有一座水晶塔放出了周遍虚空的光明；无数空行拥着这个宝塔，迎请着向他方世界去了；地上到处都是自己的金刚兄弟和尊者的施主们。天神与空行的歌声响遍了天空，到处都是不可思议的大供养云。惹琼巴就向宝塔顶礼，忽然间尊者的面庞从宝塔中现了出来，对惹琼巴说道：「儿啊！虽然你没有照我的话及时赶回来，但是如果我们父子能够再见一面，我是非常快乐的。你我父子今后恐怕不能常常见面了，不要再失去这样难得的机会，让我们父子好好的谈一次话吧！」说完了，尊者就把手放在惹琼巴的头上，满面含笑的看着他。惹琼巴心中又悲又喜，生起前所未有的信心和稀有难得的感觉。
惹琼巴醒了以后，想起了尊者从前对他说过，要他在某时回去的话，心中大为惊惶道：「难道尊者涅盘了吗？」顿时生起难以忍受的悲哀和猛利的信心。乃一心向尊者祈祷道：「上师啊！我没有及时赶到，真是后悔哟！但是我马上就要回来了！」正想间，空中出现了两个少女，对他说道：「惹琼巴！尊者要到净土去了！你要不赶快走，恐怕今生再也看不见尊者了！快点走吧！」
惹琼巴这时心中专念着上师，归心似箭，立刻就起身回去。罗若多寺的鸟雀，这时正在吱吱的报晓。
惹琼巴一心祈祷上师，一面运起气功，如箭驰一样的飞来。驴马须走两月的路程，半个早上就飞过了。到了亭日和布尔交界的钵赛山顶时，天才大亮，太阳刚刚出来。他就坐下来，稍微休息了一下。抬头一望，到处都是祥云异彩；特别是尊者入寂的山顶上，有一个广无边际的大云伞盖，放出万丈光芒。无数天神、空行、正在以五欲供云大兴供养。有的天人在祈祷，有的在发愿，有的在礼拜，有的在唱着赞美歌。惹琼巴见了，心中又悲又喜，怀疑地向一个天神问道：「你们这样供养礼拜，是为的甚么呀？」
天神答道：「你这个人难道耳聋了么？眼瞎了么?这样人天兴供的非常缘会，你都不知道吗？这是密勒喜笑金刚大士到空行刹土中去，天人大众对他都在供养祈祷，难道你不知道吗？」
惹琼巴听了这个话以后，心如刀割，向尊者入寂的山窟处飞跑而来。跑到曲巴一处像宝塔形状的平地时，像作梦一样，看见尊者满面含笑的向自己说道：「是不是我的儿子惹琼巴来了啊！」
惹琼巴一见，心中说不出来的欢喜，以为尊者并没有涅盘，连忙上前顶礼尊足，祈祷问安。惹琼巴又向尊者问了许多的问题，尊者都回答了。最后尊者对惹琼巴说：「儿啊！我先走了，你随后来吧！将来我会来接你的！不要忘记我的话呀！」说完，忽然一刹那间，尊者就不见了。
惹琼巴心中七上八下地向曲巴赶来，到了尊者入灭的山窟前，看见徒众施主们正在尊者的遗体旁边悲哀地祈祷环绕。有许多新来的徒弟们，他们从来没有见过惹琼巴，就阻挡住不要他进洞走近尊者的遗体。惹琼巴心中说不出的哀痛，痛哭流泪，唱了一只七支供养歌：——
「三世诸佛的悲心，
十方众生的依怙；
我恩重的慈父上师啊！
您那无缘大悲的心智中，
难道听不见徒儿的哭诉？
您那无缘大悲的心智中，
难道不悲悯您徒儿的痛苦？
唉！我慈父的上师啊！」
停了一下，惹琼巴又继续唱道：
「如今父子成死别，
我心恻恻不胜悲；
为瞻尊者遗容故，
无福弟子来朝谒。
大悲上师宁不见，
慈父见儿宁不悯？
弟子三门敬礼赞，
如教修持为供养；
罪业邪见我忏悔，
所有善业皆随喜。
请转甚深妙法轮，
哀求住世莫涅槃；
一切修行所作善，
回向能满上师意。
愿此回向得圆满，
令我下劣恶根者，
得睹尊者之遗容。
昔为尊者之爱徒，
如今不能见师颜；
虽无现前谒师福，
愿见上师之遗容。
由见尊者遗体故，
愿生亲见之觉受；
修行二种次第时，
愿赐除障之口诀。
我此悲痛之祈请，
尊者慈心宁不护？
不悲弟子复悲谁？
愿父无缘大悲钩；
恒常钩摄勿舍我，
平等性中常悯我！
薄慧劣根惹琼巴，
慈父三世慧眼视；
五毒所恼惹琼子，
慈父五智慧眼视。
一切众生祈勿舍，
悲视汝子惹琼巴。”
惹琼巴的歌声刚一传进洞去，尊者的遗容突然大发光彩，面貌如生。尊者的遗体忽然自己生起火来。寂光惹巴雁总顿巴和各大弟子施主们一听见惹琼巴的歌声，都赶快出来迎接。但是惹琼巴因为新来那些弟子不认识他，不要他进去，心中非常难过，所以没有立时进去。等唱完了七支供养歌之后，才走进洞内。因为惹琼巴热情和至诚的歌声祈祷感动了尊者，虽然尊者已经趋入了光明法性的大涅盘，这时又从光明而起，坐了起来，对那些新来的徒众们说道：「你们初修的徒众啊！莫要这样做！惹琼巴是人中狮子，你们应该敬重他。」又对惹琼巴说道：「儿啊！你不要这样难过，到你父亲的身旁来吧！」
大家见了这种奇迹，都惊叹不已，心中生起无量的欢喜。
惹琼巴马上走到尊者遗体的前面，抱住尊者放声痛哭。因为过度的悲伤，惹琼巴竟晕倒在地上。等到他醒转来的时候，看见徒众施主们都环绕在祭坛的周围，尊者的无垢金刚双运身并没有倒下，在八叶莲花形的火聚中，安稳的坐着，尊者的身体就好像花朵中的蕊一样，坐在八瓣莲花的熊熊火叶之中，右手持说法印下垂压于火尖，左手托住面腮，作唱歌的姿态，对着惹琼巴和众弟子们说道「你们听我这个老人的最后一个歌吧！」就在祭坛上唱了一首六种心要歌：
我之爱子惹琼巴，
听我遗嘱最后歌：
三界轮回火海中，
五蕴幻身是关键；
贪着衣物事奔走，
世事永无了结期；
舍世法兮惹琼巴！
于此幻化身蕴中，
无体自心是关键；
此心若为身所使，
法性实相永难证；
善持自心兮惹琼巴！
心物取舍之微义，
本来智慧是关键；
追逐变化诸缘起，
永难得证无生义；
善观无生兮惹琼巴！
此生他生之取舍，
中阴心识是关键；
常伴有身或无身，
永难得证实相义；
善观实相兮惹琼巴！
六道迷乱无明城，
罪障恶业如山聚；
贪嗔烦恼不除灭，
永难证人平等性；
舍贪嗔兮惹琼巴！
万千诸佛刹土中，
诸佛善巧说似法；
若依权巧相似理，
永难解悟究竟义；
舍权教兮惹琼巴！
上师本尊与空行，
作一体观而祈请；
正见胜行与正修，
三无差别而修行；
此生来世与中阴，
作一体修而熟念。
我今传汝最后诀，
此为最后之遗言；
舍此更无他心传，
依此修行是我子。
尊者说完最后的教训，又趋入光明法性之中。尊者刚一圆寂，祭坛就放出光明，变成一个四方形的越量宫，种种光明伞盖、彩霞、宝幢等丰盛的供养，无尽庄严。光明中又化现出无数的天女，在美妙的音乐中唱歌起舞。在祭坛上的虚空中，天子和天女捧着满盛甘露的宝瓶为尊者供养。徒众和施主们，有的看见祭坛中尊者是喜金刚，有的看见尊者是上乐金刚，或密集金刚，有的看见是金刚亥母，依各人的因缘根器不同，各各看见不同的佛身。
这时，遍满虚空的无数空行，一齐同声唱道：
如宝至尊入灭时，
人天大众同此悲；
或乃痛哭泪如丝，
或乃眩蹶不自持。
自生之火自燃烧，
焰作八叶莲花形；
具有七宝八吉祥，
如意斋供万千现。
琴瑟管弦诸乐具，
演出无量众妙音；
火中化出众天女，
陈献广大内外供。
妙香环绕气氤氲，
宝伞雨盖与华曼；
吉祥天女为献供，
奉骨归去有净身；
蕴身不留一微尘，
上师遗骨稀有甚。
法身若与虚空等，
悲愿报身如法云；
化身事业如花雨，
无尽成熟诸有情。
法性空寂本无生，
此中既无可生者；
空性亦离生灭相，
生灭亦即是空性；
于此甚深「空有」义，
幸勿有疑生谬见。
空行们唱完了这只歌，时间已近黄昏，天渐渐地黑了，祭坛上的火也已熄灭。但是祭坛内外却是一片透明的光。徒众们觉得非常奇怪，向祭坛里面看，原来在祭坛的中央，出现了一个光明的宝塔。宝塔的中央，有人看见上乐金刚，有人看见亥母或喜金刚，有人看见金刚铃、杵、宝瓶、手印、身、口、意的种种字形。有人看见一片金色的光明，有人看见一片海水，或一团烈火，也有人甚么都看不见。
徒众们于是打开祭坛的门，让热气散发，以备第二天来取舍利子。这时又出现了许多不可思议的异征。当日晚上，大家都把头朝着祭坛的门在地下睡着了。次日一早，惹琼巴刚刚醒的时候，看见五部空行母们拿着缨络骨饰众宝庄严及种种五欲供养品，进入祭坛来行供养。一会儿，看见五个主要的空行母，从祭坛中捧着一团光明的东西飞了出去。惹琼巴正看得出神，忽然想起，必是空行母们把尊者的骨灰舍利子拿走了，心中一急，连快赶出来，这时空行母们已经捧着舍利，腾在空中。惹琼巴立刻回去把所有的师兄弟喊醒。大家打开祭坛的门，向里面一看，连一棵舍利子都未留下！惹琼巴悲痛忧伤万分，就请求空行母慈悲分一点舍利子给人间的弟子们。
空行母说道：「你们这些大弟子们，已经得到了最殊胜的舍利，亲见法身了，如果这个还嫌不够，可以祈请尊者，尊者自然会给你们的。至于其他的人们，比起光明如日月的尊者来连萤火虫还不如，这些人给他们舍利子作甚么？这些舍利子是属于我们的。」说完就停住在空中不动。徒众们听了空行母的话后，大家一想，这个话说得不错，心生懊悔，殷切的祈祷道：——
「至尊依止上师时，
敬信如教而行故；
获致甚深了义诀，
成就有缘令解脱；
愿赐舍利作福田，
一切众生求悯怜。
至尊山窟独居日，
断离贪着精进修；
现得神通大成就，
名称普耀於十方；
愿赐舍利作福田，
悲护所有见闻者。
至尊摄受弟子时，
亲疏普及无偏私；
神通智慧复何限，
善巧慈悲利生衍；
愿赐舍利作福田，
悲悯有缘诸弟子。
至尊蒞止诸法会，
广大慈悲恩普盖；
一切有缘令解脱，
悲摄业重者为最；
愿赐舍利作福田，
悲摄我等诸矇昧！
至尊舍此幻身时，
示证空行大成就；
化现象界成法身，
一切空行尊为首；
愿赐舍利作福田，
与会弟子咸蒙悲。」
大家这样悲痛殷切的祈求以后，就看见空行母的手掌中放出五色毫光，尊者的舍利子大如鸟蛋，降落在祭坛上。弟子大众看见舍利子降下来，都伸手想去拿，舍利子忽然又飞到空中，重新溶合到空行母掌中所发的毫光里去了。忽然毫光又为两道，一道变成为日月座垫的狮子座，另一道变成一座内外透明的琉璃宝塔，塔中放出红、白、蓝、黄、绿、五色光明，遍照三千大千世界，由一千零二尊佛四周围绕着，中间端坐至尊密勒日巴。亿万空行海会云集，供养赞叹，有两个天女在塔的下面捧着宝塔。尊者密勒日巴唱道：
「徒子乐获与寂光，
雁顿总巴等弟子；
具足善根诸惹巴，
诚心祈祷呼我名。
舍利本是福田因，
为众有情而施舍；
若由至诚祈祷力，
能见三身三舍利；
则能不堕诸恶趣，
若生信心当成佛，
法身明彻本一味。
舍利乃是佛因依；
我与我所尚不得，
何有彼境及彼住？
法尔真理虽如是，
然尔至心所祈祷；
诸佛大悲定摄受，
此是如来三昧耶。
上乐父母本尊佛，
尸林骨饰为庄严；
坛城遍满大虚空，
勇父空行法云绕；
圆满受用智慧尊，
灌顶当得速成就。
若能于彼勤恳祷，
当得不思议加持；
此是空行三昧耶，
法身事业能成办。
万千化身随意观，
于比琉璃宝塔周；
显教千佛作围绕，
密教本尊四部现。
现前降临甚希有，
若得诚心作祈祷；
事业广大自然成，
此是护法三昧耶。
上师三身本无别，
能现不思议神变；
小中能显广大境，
如是神变甚希奇。
若能一心而恳请，
当得殊胜大成就；
此是一切成就者，
誓语金刚三昧耶。
若能善持密宗戒，
一切具誓赐成就；
若能独自山中修，
空行慈母常围绕。
于法若无谄媚心，
身当速得成就相；
内心若不贪欲乐，
烦恼根本立时断。
若不执我不执物，
鬼魔障难即时除；
若不执着宗派见，
一切见解自清净。
若了生死本来空，
一切修观自清净。
内心持戒若有恒，
一切所行悉清净。
若得上师之授记，
一切誓戒皆清净。
若能利益诸众生，
一切果利悉清净。
师徒心意如合一，
一切因缘悉清净。
若见成就殊胜相，
心境自然生净信；
维护禁戒得暖相，
汝等徒子应受持。」
尊者说完了，空行母捧着宝塔，便准备迎请尊者到空行刹土中去。这时寂光惹巴心中想道：「我应该为人间众生福田计，恳求空行母赐下这个宝塔，作为人间弟子供养之用。」就哀痛迫切的祈祷道：
「上师慈父应化身，
圆满受用瑜珈士；
法性无生普遍满，
祈请至上法身前！
空行手中之宝塔，
恳祈赐予我徒众。
若欲朝观获加恃，
礼拜师尊即成办；
无价之宝瑜珈士，
祈请究竟清净者；
空行手中之宝塔，
恳祈赐予我徒众。
供养承事师尊时，
即能回忆上师教；
普利一切瑜珈士，
具大悲者我祈请；
空行手中之宝塔，
恳祈赐我徒众辈。
至尊舍弃世法时，
一如明王大仙人；
坚不动摇瑜珈士，
祈请雄毅大勇者；
空行手中之宝塔，
恳祈赐我徒众辈。
依师口诀修观时，
尤如猛虎食人肉。
无有疑义瑜珈士，
祈请雄毅大勇者；
空行手中之宝塔，
恳祈赐我徒众辈。
无人崖洞独居时，
一似铁制无缝石；
无有转变瑜珈士，
圣心不动我祈请；
空行手中之宝塔，
恳祈赐我徒众辈。
至尊显现神变时，
犹如狮子龙象舞；
无所恐怖瑜珈士，
离诸畏惧我祈请；
空行手中之宝塔，
恳祈赐我徒众辈。
觉受暖相生起时，
犹如十五月正明；
偏满世界瑜珈士，
无偏袒爱我祈请；
空行手中之宝塔，
恳祈赐我徒众辈。
至尊遇有财物时，
弃如水银之泻地；
不染浊气瑜珈士，
离过失者我祈请；
空行手中之宝塔，
恳祈赐我徒众辈。
至尊蒞止法会时，
有如太阳照大地；
世间黑暗顿时消，
具悲智者我祈请；
空行手中之宝塔，
恳祈赐我徒众辈。
师往空行刹土时，
如妙宝瓶赐成就；
随愿成办瑜珈士，
大希有者我祈请；
空行手中之宝塔，
恳祈赐我徒众辈。
师以神通授记时，
视未来事如掌物；
略无谬误瑜珈士，
具三世智我祈请；
空行手中之宝塔，
恳祈赐予我徒众。
至尊赐我成就时，
有如父传宝与子；
永无二语瑜珈士，
具大悲者我祈请；
空行手中之宝塔，
恳请赐予我徒众。」
寂光惹巴祈请之后，宝塔中的尊者就回答寂光的祈祷，唱了一支《辨了不了义歌》：——
「噫嘻善根具信人，
至心悲切祷告诚；
稀有惹巴我徒子，
听我密勒为汝歌：
我之法身遍一切，
空性本离得与失；
色身趋入法性故，
出生世俗之舍利。
独一舍利放光芒，
为诸众生集资粮；
往生净土所依故，
五部空行为守护；
天人神众为供养，
若留人间终毁灭。
汝等善根诸弟子，
证得自心法身后；
已具最胜之舍利，
修行道上多慎思，
何用世俗舍利为？
执着相似即违道，
切记斯语勿忘之。
依止汝父具相师，
与依具足福德者；
表面相似实不同，
二者差别应当知。
心性显现本来空，
着意修成无念境；
表面相似实不同，
二者差别应当知。
修观本来现成性，
较之修定习等持；
表面相似实不同，
二者差别应当知。
法尔任运之显现，
千奇百境妄心见；
表面相似实不同，
二者差别应当知。
无染心性自显现，
修善作福取舍心；
表面相似实不同，
二者差别应当知。
缘起事上显成就，
纷扰福德之作业；
表面相似实不同，
二者差别应当知。
慈母空行之授记，
以及魔鬼之招使；
表面相似实不同，
二者差别应当知。
无垢法身之舍利，
以及物质舍利子；
表面相似实不同，
二者差别应当知。
法性化现之花朵，
欲界天人所降花；
表面相似实不同，
二者差别应当知。
佛陀示现之宝塔，
魔鬼比身之窣波；
表面相似实不同，
二者差别应当知。
显有光明示彩晕，
四大缘起所生虹；
表面相似实不同，
二者差别应当知。
往劫因缘所生信，
遇缘临时之信心；
表面相似实不同，
二者差别应当知。
内心深处之信心，
责任羞愧所生信；
表面相似实不同，
二者差别应当知。
至诚真实之修观，
取悦上师之修行；
表面相似实不同，
二者差别应当知。
所求立赐于掌中，
口头允许如空风；
表面相似实不同，
二者差别应当知。
空行慈母之宝塔，
即是三世诸佛刹；
勇父空行之宫殿，
至尊上师之修室。
我在东方现喜刹，
无量空行围绕处；
上乐金刚薄伽梵，
大悲观音与度母；
无量佛陀菩萨众，
诸圣大士所游止。
汝等若能一心求，
默然饮泣而祈祷；
毫无虚饰勤礼拜，
投掷锐利智慧花。
甘露洗涤菩提心，
无转信心善守护；
不二智慧得灌顶，
是为成就之初征。”
歌声一住，空行母捧住宝塔，飞到诸大弟子的顶上，宝塔忽然放出许多道毫光，每一个弟子的头顶上也都有一道光照射出来。大家都看见宝塔中央的尊者腾入空中，变成喜金刚，上乐金刚，密集金刚，至尊母坛城，无量佛陀，为空行母所围绕。最后诸佛菩萨皆化成光明，溶入尊者的心间。在天乐齐鸣中，尊者被迎请到东方现乐刹土中去了。
有的徒弟看见尊者报身庄严，坐狮子座，四部空行捧送，金刚亥母导引，于不可思议天乐供养云中，往东方现喜刹土中飞去。
诸大弟子看见尊者已经悄然飞去，无法取得舍利供养，于是大家都嚎啕大哭，悲哀祈祷。忽然听见空中尊者的声音说道：「徒儿们啊！你们用不着这样的悲伤，在崖石的下面找到四个字的铭训（书中未提四字为何）。以后，你们就会发现供物的。」于是大家就在崖的周围四处找寻，果然发见了石铭训。这个崖石，现在在曲巴寺还可以见到。
诸弟子看见尊者已经到他方世界去了，心中虽然十分悲伤，但是都知道将来一定可以往生尊者的净土，同时也明白尊者的一切示现，都是为了佛法和众生的缘故。大家都抱着献身二利事业的决心，来看尊者的遗嘱和灶下面的金子究竟是怎么回事。
大家虽然知道尊者决不会埋藏甚么金子，但是为了遵守他的遗训，大家都到灶下面去看个究竟。果然在灶下发现有一块棉布，里面包着一把小刀，小刀的刀口还很锐利。刀柄上并且系有一个椎子，此外还有一小块糖，和磨刀石一同包着在布里。他们仔细一看在刀上面还刻有几行小字：「用这把刀，切这块糖及割这块布，它们永远都不会被切完的。你们就这样把糖和布切了分给所有的人；凡是吃了这个糖，或分到这块布的人，便不会堕入三恶道了。密勒日巴的三昧食和衣服，是上师和诸佛都加持过了的。若有众生，听见我的名号，生一念信心，在七生之中，也决不会堕入恶趣，并能忆念七生之事。此是诸佛菩萨之授记。如果有人说密勒日巴有金子，那人就应该吃粪。」诸弟子们在极端悲伤中看到了这个遗嘱的最后一句，实在忍不住大笑起来，他们皆大欢喜。又继续的念最后一段话！那是一首歌词：——
「此乃行者三昧食，
具二成就大悲食；
若有幸运尝此者，
必不堕入饿鬼趣。
此布拙火智慧衣，
若有幸运佩带者，
必不堕入苦地狱。
一切得我加持者，
必能不堕三恶趣。
一切有我法缘者，
永不堕入三恶道；
渐次必能成佛陀。
若用闻我名号者，
生一念信诸众生，
能忆过去七生事。
密勒日巴大丈夫，
已转三界为黄金；
黄金珠宝何用为？
我徒遵行我训示，
现前以及究竟利；
凡有所求皆成就。」
于是大家就用刀来切糖，的确无论切多少次那块糖还是切不完。布也是一样，割了许多次，原来的一块布丝毫也不减少。这样无穷尽的切去，大家都分到了布和糖。许多患病的人，吃了糖以后病立刻就好了。下根烦恼重的人，吃了糖之后，慢慢地智慧增长，慈悲也增多了。
在举行葬礼会供的时候，天上降下五色的鲜花。这些花降下来的时候，大半皆在离人顶不高的地方就融化不见了。有的花落到地上的，拾起来看，却跟蜜蜂翅膀一样的细薄，美丽异常。
在曲巴村一带，降下来的天花遍满大地，堆到足膝一样高；其他附近的地方，花朵也如下雪一样，降下了很多。等会供仪式完毕后，各种异征奇彩就慢慢地消失了。
以后许多年当中，每逢纪念尊者的日子，天空中就现出长虹，降落花雨，鸣奏天乐，飘散异香，生出种种的奇迹来；同时地上也长出许多不同的奇花，年岁丰稔，人无灾病，也没有战祸。这种种奇迹，说也说不完。
尊者涅槃之后，他的那些已登不退转地（即八地菩萨，已得永不退转，不为烦恼业力所使，能破一切障难，直趋菩提）以上的大弟子们，为了要使密勒日巴大师的事迹和教训永留人间，普利一切有情，令所有见闻者皆发大菩提心，趋向佛道究竟正觉，特将尊者一生事迹和法语，记录下来，并广为流布，希望一切恒沙世界的众生，早日脱离生死苦海，超登无住涅槃彼岸。
愿此稀有殊胜的传记，能感化一切有情，趋向佛道，成就自利利他的究竟事业。
至尊密勒日巴传，
放出无量大光明；
显示无上诸佛法，
圆成众生一切愿；
人间供养此最胜。
一听诵读尊者传，
信心恭敬自然生；
并发坚决出离心，
能断烦恼与罪障。
我愿此传广流传，
普及一切四天下；
感应默化弘正教，
庄严佛法及道场。
（全文结束）
