药王、药上两菩萨，常作为药师如来的两胁侍一并供奉，另说为“日光菩萨”、“月光菩萨”。有时两菩萨会作为释迦牟尼佛或阿弥陀佛的胁侍，以示诸佛本同一体之德。
在《观药王药上二菩萨经》中说：
过去无量无边阿僧祇劫，有佛号琉璃光照如来，其国名悬胜幡。佛祖涅槃后，于像法中，有日藏比丘，聪明多智，为大众广说大乘，及佛祖无上清净平等大慧。当时众中有星宿光长者，闻大乘平等大慧，心中十分欢喜。用雪山良药，供养日藏比丘及众僧，并发愿以此功德，回向无上菩提。若有众生闻己名者，愿其得灭除病苦。当时长者的弟弟电光明，也随兄持醍醐良药供养日藏及诸僧众，亦发大菩提心，愿得成佛。在那时，大众赞叹星宿光长者为药王，电光明为药上，即为药王、药上二位菩萨。此二菩萨久修梵行，诸愿已满，药王菩萨于未来世成佛，号净眼如来，药上菩萨亦成佛，号净藏如来。
根据《法华经·药王菩萨本事品》，药王菩萨又曾于过去行难行苦行燃身燃臂供佛：
过去无量恒河沙劫，有日月净明德如来，其佛寿命为四万二千劫。时有一菩萨，名“一切众生喜见菩萨”，修习苦行，精进经行，一心求佛，经一万二千岁，证得现一切身色三昧，乃服诸香，饮香油，燃自身供养佛一千二百年。命终后复化生于净德王家，受日月净明德如来付嘱，于彼佛灭度，造八万四千塔。其自身亦于七万二千年间，燃臂供养其塔。或谓彼“一切众生喜见菩萨”，即今药王菩萨。
又据《法华经·妙庄严王本事品》，药王菩萨曾化身王子度化其父：
在过去无数劫，有云雷音宿王华智佛，解说《法华经》。有妙庄严国王，夫人名净德，二子名净藏、净眼。其王邪见炽盛信外道之法。夫人与二子乃共设种种方便，使王至宿王华智佛所听闻《法华经》，共得利益。净藏、净眼二人即今药王、药上二菩萨。
于《法华曼荼罗威仪形色法经》中有对药王菩萨形象的详细描述：
第三药王菩萨
顶上妙宝冠 绀发垂耳侧
身相朝日色 左定拳著膝
右惠云上日 跏趺右押左
大悲救世相 身被妙花鬘
天衣及璎珞 镮钏为臂玉
细锦以腰中 赤绫为妙裳
庄严相妙身 身光遍晖曜
宝莲以为座 安住月轮海
南无药王菩萨
